想把mysql的安装程序和数据文件分开，首先是安装时配置的问题，

./configure --prefix=/program/mysql --with-unix-sock-path=/tmp/mysql.sock --localstatedir=/server/mysql/data --with-charset=gbk --with-extra-charsets=all

其中localstatedir是数据文件的安装位置

其次，mysql用户需要相应的文件夹有操作权限。

chown -R mysql:mysql /program/mysql

chown -R mysql:mysql /server/mysql

再次，初始化数据时需指定文件位置

/program/mysql/bin/mysql_install_db --basedir=/program/mysql --datadir=/server/mysql/data --user=nobody

关键的三步，问题解决了！